1、纳豆最常见的食用方法，就是将纳豆放入碗中，多次搅拌后纳豆会出现黏丝，然后根据个人口味加入调味料再次搅拌均匀后即可食用。常见的搭配有：酱油+葱花，酱油+芥末，蜂蜜等。调味好的纳豆可以搭配米饭，面条等一起食用。

2、凉拌：纳豆中的纳豆激酶不耐高温，若加热食用，溶血栓的活性成分会消失，营养价值不高，建议凉拌食用。

3、卷饼：纳豆在发酵过程会产生大量黏性蛋白，为了避免黏丝到处飞，可加点醋将纳豆拌匀，黏液变稀后用勺舀出放入卷饼中，加点调味料和一些焯过的豆芽，与冬笋丝，这样食用，可促进食欲，能摄入多种营养。