仙剑奇侠传游戏里，并没有交代刘晋元怎么死的，刘晋元为了救蝴蝶仙彩衣，被蜘蛛精咬伤，最终，刘晋元要毒发身亡的时候，彩衣为了救刘晋元，以自己的千年道行为代价换取了刘晋元延长10年的寿命（从李逍遥的师傅酒剑仙嘴里说明的情况），并没有交代刘晋元最终的结局。

电视剧版里，彩衣救了刘晋元之后，拜月教主来了，让刘晋元归顺他，并间接的害死了刘晋元的父母，为了报仇，也为了林月如李逍遥他们，刘晋元假意归顺，之后，为了救李逍遥，刺到了李逍遥的”生死劫“，让李逍遥假死，后来被拜月教主发现，被拜月教主所杀。