胶囊咖啡的危害主要是环境污染，因为咖啡胶囊含有难以降解物质，还可能含有毒素。

胶囊咖啡是将咖啡豆先研磨成咖啡粉，再装进铝质胶囊的，杜绝了普通咖啡豆或者咖啡粉接触空气后变酸，氧化等问题。