clustalW是一款经典的多序列比对工具，在高通量测序开始之前已经被广泛使用了，具有非常高的引用率。可以进行多个同源基因的多序列比对，比对完成之后可以用于构建分子数。在高通量测序时代，ClustalW依然具有重要的作用。是一款需要掌握的生物信息工具。

Clustal 系列软件广泛用于分子生物学的研究中。涉及的核酸、蛋白质的全局多序列比对，为进一步构建分子进化树等进化分析提供了基础。最初的版本名命名为Clustal，后来有了ClustalＶ，以及Clustal W和Clustal XClustalX相比ClustalW只是单存增加了图形化界面，最新的Clustal家族是Clustal Omega，在mega等软件中也集成了clustalw的比对。